監修者
株式会社日本提携支援 代表取締役
大野 駿介
過去1,000件超のM&A相談、50件超のアドバイザリー契約、15組超のM&A成約組数を担当。
(株)日本M&Aセンターにて、年間最多アドバイザリー契約受賞経験あり。
新規提携先の開拓やマネジメント経験を経て、(株)日本提携支援を設立。
「株式譲渡の対価には消費税がかかるのか」「M&Aで動く資金のうち、どの部分が課税されるのか」——NTSへの相談の場でも、事業承継やM&Aを検討し始めた経営者からこうした疑問は繰り返し寄せられます。消費税の非課税と不課税は、どちらも「消費税がかからない」という点では同じに見えますが、その根拠と実務上の扱いはまったく異なります。この違いを正確に理解しておくことは、M&Aの取引設計や税務申告において思わぬ誤りを防ぐうえで非常に重要です。
1. 消費税の課税区分は4種類ある
消費税法上、取引は大きく4つの区分に分類されます。課税取引、非課税取引、不課税取引（課税対象外取引）、そして輸出免税取引です。
一般的なビジネスの場面では「課税か非課税か」という二項対立で語られることが多いのですが、実際には「そもそも消費税の対象になるかどうか」という入口の判断が先にあります。その入口で「対象外」とされるのが不課税取引であり、対象ではあるが政策的に課税しないとされているのが非課税取引です。この順序を押さえることが、両者の違いを正確に把握するための出発点になります。
1-1. 消費税が課税されるための4つの要件
消費税が課税されるためには、次の4つの要件をすべて満たす必要があります。国内において、事業者が事業として、対価を得て行う、資産の譲渡・貸付または役務の提供——この4要件のいずれかを欠く取引が不課税取引です。消費税法の「土俵」にそもそも乗っていない取引、と理解するとわかりやすいでしょう。
一方、4要件を満たしていても、消費税の性質や社会政策上の理由から課税することが適当でないと判断された取引が非課税取引です。国内の土地の譲渡・貸付、有価証券の譲渡、社会保険医療、住宅の貸付などが代表例として挙げられます（消費税法第6条および別表第一）。
2. 非課税と不課税、それぞれの定義と具体例
2-1. 不課税取引とは何か
不課税取引とは、消費税の課税対象そのものにならない取引のことです。4要件のいずれかを欠くため、消費税の計算において最初から存在しないものとして扱われます。
具体的には、給与・賃金の支払い（雇用契約に基づくもので「事業として」の要件を満たさない）、寄付金や補助金の受領（対価性がない）、保険金の受取（対価性がない）、株式の配当金（対価性がない）などが該当します。M&Aの文脈では、損害賠償金の受取や見舞金・祝い金なども不課税取引に含まれます。
不課税取引は、消費税の申告書において課税売上にも非課税売上にも含まれません。したがって、課税売上割合（仕入税額控除の計算に用いる割合）の計算にも影響を与えないという特徴があります。
2-2. 非課税取引とは何か
非課税取引とは、消費税の課税対象の4要件は満たしているものの、消費税を課すことが適当でないと法律で定められた取引です。消費税法第6条に列挙された取引が該当し、限定列挙（法律に書かれたものだけ）という点が重要です。
主な非課税取引として、土地の譲渡および貸付（1か月未満の貸付を除く）、有価証券・国債・社債等の譲渡、支払手段（現金・小切手等）の譲渡、預貯金や貸付金の利子・保険料、社会保険医療の給付、介護保険サービス、住宅の貸付（1か月以上）などが挙げられます。
非課税取引は、消費税の申告書において非課税売上として計上されます。この点が不課税取引との大きな違いです。非課税売上が増えると課税売上割合が下がり、仕入税額控除の計算に影響が出る場合があります。特に課税売上高が5億円を超える事業者や、課税売上割合が95%未満になる事業者にとっては、非課税売上の増減が納税額に直結することがあります。
2-3. 非課税と不課税の違いを整理する
両者の違いをまとめると次のとおりです。
不課税取引は、消費税の課税対象外であり、申告書への計上は不要で、課税売上割合の計算にも影響しません。給与、補助金、配当金、保険金などが具体例です。
非課税取引は、課税対象の4要件を満たすが法律で非課税とされており、非課税売上として申告書に計上が必要で、課税売上割合の計算に影響します。土地の譲渡、有価証券の譲渡、住宅の貸付などが具体例です。
この違いを混同すると、課税売上割合の計算誤りや仕入税額控除の過大・過少計上につながります。実務上は慎重な判断が求められる論点です。
3. M&Aにおける消費税の課税区分
M&Aや事業承継の場面では、取引の形態によって消費税の扱いが大きく変わります。ここが、経営者にとって最も実務的な関心事になる部分です。
3-1. 株式譲渡における消費税の扱い
株式譲渡による会社売却は、有価証券の譲渡に該当するため非課税取引となります。つまり、株式の売買代金そのものには消費税がかかりません。
ただし、注意が必要なのは、M&A支援会社（仲介会社・FA会社）に支払う成功報酬（アドバイザリー報酬）は役務の提供に該当するため課税取引です。たとえばレーマン方式で計算した手数料が3,300万円であれば、それに対して消費税が加算されます。株式の譲渡対価には消費税がかからない一方で、その取引を仲介するサービスの対価には消費税がかかる——この非対称な構造を事前に把握しておくことが、資金計画の精度を高めます。
また、有価証券の譲渡は非課税売上として課税売上割合の計算に算入されます。M&Aを実施した事業年度において株式の譲渡対価が大きいと課税売上割合が大幅に低下し、その期の仕入税額控除の金額に影響することがあります。顧問税理士と事前に確認しておくべき論点です。
3-2. 事業譲渡における消費税の扱い
事業譲渡（会社ではなく事業そのものを売買する方式）では、譲渡される資産の種類ごとに消費税の課税区分が異なります。
棚卸資産や機械設備などの動産は課税資産であるため、その譲渡対価には消費税がかかります。一方、土地は非課税資産であるため、土地部分の対価には消費税がかかりません。のれん（営業権）は課税資産として扱われます。
事業譲渡の場合、売り手・買い手双方にとって消費税の処理が複雑になるため、対価の内訳をどのように按分するかが重要になります。この按分の妥当性については税務調査で問題になることもあるため、弁護士や税理士を交えた丁寧な設計が必要です。
3-3. 不動産を含む取引での注意点
M&Aや事業承継において不動産が絡む場合、土地と建物の区分が消費税の計算に大きく影響します。土地の譲渡は非課税、建物の譬渡は課税というのが基本的な区分ですが、土地と建物を一括して取引する場合は合理的な按分計算が必要です。
NTSでは、M&Aの相談を受けた際に、取引スキームの選択（株式譲渡か事業譲渡か）が税負担に与える影響についても、顧問税理士と連携しながら整理することをお勧めしています。スキームの選択は、消費税だけでなく法人税・所得税・登録免許税など複数の税目に影響するため、総合的な視点で判断することが重要です。
4. 課税売上割合と仕入税額控除への影響
4-1. 課税売上割合とは
課税売上割合とは、総売上高（課税売上＋非課税売上）に占める課税売上高の割合のことです。この割合が95%以上であれば、仕入れにかかった消費税の全額を控除できます（全額控除）。95%未満の場合は、課税売上に対応する部分のみを控除する個別対応方式または一括比例配分方式を選択する必要があります。
非課税売上（土地の譲渡、有価証券の譲渡など）が増えると、この割合が下がります。株式譲渡を行った事業年度に、通常の事業収益に対して株式譲渡対価が大きい場合、課税売上割合が急落し、その年度の仕入税額控除が大幅に制限されることがあります。
一方、不課税取引（給与、補助金など）は課税売上割合の計算にそもそも入りません。不課税取引をどれだけ多く行っても課税売上割合には影響しない——ここが非課税と不課税の実務上の最も重要な違いです。
4-2. 実務での影響シナリオ
たとえば、通常の事業で課税売上が年間2億円あり、課税売上割合が99%の事業者が、ある事業年度にM&Aによる株式譲渡を行い、非課税売上（株式譲渡対価）が3億円発生したとします。この場合、課税売上割合は2億円÷（2億円＋3億円）＝40%となり、仕入税額控除が大幅に制限されます。
こうした影響は、M&Aの検討段階で把握しておくべき事項です。NTSでは相談の初期段階から税務面のリスクについても整理することを重視しており、顧問税理士との連携を前提にスキーム選択の論点を早期に洗い出すよう努めています。
