監修者

株式会社日本提携支援 代表取締役

大野 駿介

過去1,000件超のM&A相談、50件超のアドバイザリー契約、15組超のM&A成約組数を担当。

(株)日本M&Aセンターにて、年間最多アドバイザリー契約受賞経験あり。

新規提携先の開拓やマネジメント経験を経て、(株)日本提携支援を設立。

事業譲渡の話し合いが佳境に入ったタイミングで、「消費税を含めると手元に残る金額が想定より少ない」と気づく——こうした事態は、M&Aの現場で決して珍しくありません。事業譲渡は株式譲渡と異なり、譲渡する資産の種類によって消費税の課否が変わります。のれんへの課税を見落としていた、土地と建物の対価を一括で設定していた、売り手のインボイス登録状況を確認していなかった。これらは「知識として知っていた」だけでは防げず、契約書の設計段階から意識して組み込んでおく必要があります。この記事では、事業譲渡における消費税の基本的な考え方から、課税・非課税・不課税の区分、実務上の落とし穴、そして経営者が意思決定をする前に確認しておくべきポイントを整理します。

1. 事業譲渡とはどのような取引か

事業譲渡とは、会社が営む事業の全部または一部を、個別の資産・負債・契約関係ごとに相手方に移転する取引です。株式譲渡が「会社そのものの所有権」を移転するのに対し、事業譲渡は「事業を構成する個々の財産」を売買する形をとります。

この違いが、消費税の取り扱いに直接影響します。株式譲渡では株式という有価証券を売買するため消費税は非課税ですが、事業譲渡では移転する資産の内容によって課税・非課税・不課税が混在します。経営者として「事業を売る」という判断をする前に、まずこの構造的な違いを把握しておくことが出発点です。

弊社では、M&Aの手法として株式譲渡と事業譲渡のどちらが適切かを検討する際、税務面の影響を含めて売り手・買い手双方にとって最善の構造を一緒に考えることを大切にしています。手法の選択は消費税の扱いだけで決まるものではありませんが、消費税の影響を後から知ることで資金計画が狂うケースは実際に起きています。早い段階で論点を整理しておくことが、スムーズなクロージングにつながります。

2. 消費税の基本的な考え方——課税・非課税・不課税の違い

消費税を正しく理解するには、「課税取引」「非課税取引」「不課税取引（課税対象外）」の3つを区別することが必要です。

課税取引とは、消費税法上「事業者が事業として対価を得て行う資産の譲渡等」に該当するものです。原則として、事業用の有形固定資産（機械設備・車両・什器など）や棚卸資産（在庫商品）の売買はこれに当たります。

非課税取引とは、本来は課税対象になり得るものの、消費税法が政策的に非課税と定めているものです。土地の譲渡が代表例です。建物は課税、土地は非課税という区分は、事業譲渡の実務でも頻繁に問題になります。

不課税取引（課税対象外）とは、そもそも消費税の課税対象にならない取引です。有価証券・売掛金・貸付金・借入金といった金銭債権の移転がこれに当たります。

事業譲渡では、これら3種類の取引が一つの契約書の中に混在することが多く、それぞれの資産について正確に区分しなければ消費税の計算が成り立ちません。

2-1. 主な資産ごとの課税区分

事業譲渡で移転される代表的な資産について、消費税の区分を整理しておきます。

有形固定資産（機械・設備・車両・什器備品など）は課税取引に該当します。棚卸資産（商品・製品・仕掛品）も同様に課税です。ソフトウェアや特許権・商標権などの無形固定資産も課税対象となります。

一方、土地は非課税です。ただし、土地の上に建物が存在する場合、建物部分は課税、土地部分は非課税となるため、契約書上で土地と建物の対価を明確に区分する必要があります。この区分が曖昧なまま一括で譲渡価格を設定すると、税務調査の際に課税当局から合理的な按分を求められることがあります。

売掛金や受取手形などの金銭債権、借入金などの負債は不課税です。のれん（営業権）については、事業の収益力に対して支払われる対価であり、消費税の課税対象となります。のれんをどの程度評価するかは売り手・買い手の交渉によって決まりますが、その金額に消費税が加算される点を見落とすと、資金計画に狂いが生じます。

3. 事業譲渡における消費税の計算方法

事業譲渡の消費税は、譲渡対価の総額に対して一律に課税されるわけではなく、課税資産の対価に対してのみ課税されます。そのため、譲渡価格の内訳を正確に設定することが実務上の最重要事項です。

計算の流れとしては、まず譲渡対象となる全資産・負債を棚卸しし、それぞれを課税・非課税・不課税に分類します。次に、課税資産に対応する対価の合計額を算出し、その金額に消費税率（現行10%）を乗じます。

たとえば、事業譲渡の対価総額が1億円で、そのうち課税資産（設備・棚卸資産・のれんなど）の対価が6,000万円、土地の対価が3,000万円、売掛金の移転が1,000万円だとすると、消費税の課税対象は6,000万円となり、消費税額は600万円になります。

この消費税は売り手側が買い手から受け取り、後に申告・納付する義務を負います。買い手側は支払った消費税を仕入税額控除として申告できるため、消費税を「誰が最終的に負担するか」という観点では、買い手が消費税課税事業者であれば実質的な負担は軽減されます。ただし、買い手が免税事業者や簡易課税事業者の場合は仕入税額控除の扱いが異なるため、事前に確認が必要です。

4. 実務でよく見落とされる3つのポイント

弊社が支援する案件の中で、消費税に関して「知らなかった」「後から気づいた」という声が上がりやすい論点を3つ整理します。

4-1. のれんへの消費税課税

のれん（営業権）は、事業の超過収益力に対して支払われる無形の価値です。中小企業のM&Aでは「時価純資産＋営業権」という算定方法が主流であり、のれんの金額が譲渡対価の大部分を占めることも珍しくありません。こののれんに消費税が課税されることを見落とし、資金調達の計画が狂うケースがあります。

買い手側は、譲渡対価の総額だけでなく「消費税込みでいくら用意する必要があるか」を事前に試算しておくことが欠かせません。弊社では企業価値の算定段階から消費税の影響を試算に含め、買い手・売り手双方が資金計画を立てやすい形で情報を整理するよう努めています。

4-2. 土地と建物の対価按分

不動産を含む事業譲渡では、土地と建物を一括して「〇〇万円」と設定してしまうケースがあります。この場合、課税当局から合理的な按分基準（固定資産税評価額や不動産鑑定評価など）に基づく区分を求められることがあり、後から消費税の修正申告が必要になることもあります。

契約書を作成する段階で、不動産鑑定士や税理士の関与のもと、土地・建物の対価を明確に区分しておくことが重要です。弊社が支援したあるケースでは、事業譲渡の契約書に土地と建物の対価が一括で記載されており、後から税理士が按分計算を行う必要が生じました。契約書作成の段階から専門家が関与していれば防げた手間であり、早期関与の重要性を改めて感じた事例です。

4-3. 売り手が課税事業者かどうかの確認

消費税の申告・納付義務は課税事業者にのみ発生します。前々事業年度（基準期間）の課税売上高が1,000万円以下の事業者は原則として免税事業者となり、消費税の納税義務が免除されます。ただし、事業譲渡の対価が高額になる場合、その年度の課税売上高が1,000万円を超えることで翌々年度から課税事業者になる可能性があります。

また、インボイス制度（適格請求書等保存方式）の導入後は、売り手が適格請求書発行事業者に登録しているかどうかが、買い手側の仕入税額控除に影響します。売り手が登録していない場合、買い手は支払った消費税について仕入税額控除を受けられないか、控除できる金額が制限されます。これは買い手の実質的な税負担が増えることを意味するため、交渉の早い段階で確認しておくべき事項です。

5. 株式譲渡との消費税比較——手法選択への影響

事業譲渡と株式譲渡では、消費税の扱いが根本的に異なります。株式譲渡は有価証券の売買であり、消費税は課税されません。そのため、売り手・買い手ともに消費税の申告・納付という手続きが発生しないシンプルさがあります。

一方、事業譲渡では前述のとおり課税資産に消費税が課税されるため、買い手は消費税分を上乗せした資金を用意する必要があります。この差は、特に不動産や設備を多く含む事業の譲渡において顕著になります。

ただし、M&Aの手法選択は消費税だけで決まるものではありません。株式譲渡は会社の全資産・負債・契約・許認可をそのまま引き継ぐため、簿外債務や未知のリスクも引き継ぐ可能性があります。事業譲渡は引き継ぐ資産・負債を選択できるため、リスクを限定した取引が可能です。ただし、許認可の取り扱いや従業員との雇用契約の再締結が必要になるなど、手続き面での負担も異なります。

弊社では、売り手・買い手それぞれの状況に応じて、税務面・法務面・事業継続性の観点から最適な手法を検討するサポートを行っています。消費税の負担感だけで手法を決めてしまうと、後から想定外のリスクが顕在化することもあるため、総合的な視点での判断が大切です。

6. 事業譲渡の消費税に関する手続きと申告

事業譲渡が完了した後、売り手は受け取った消費税を税務署に申告・納付する義務があります。申告期限は、原則として課税期間（通常は事業年度）終了後2ヶ月以内です。

消費税の申告に際しては、譲渡資産ごとの課税区分と対価の内訳を正確に記録した書類を整備しておくことが重要です。契約書に課税資産の対価と非課税・不課税資産の対価が明確に区分されていれば、申告作業がスムーズになります。

また、買い手側は支払った消費税を仕入税額控除として申告するために、売り手から適格請求書（インボイス）の交付を受ける必要があります。インボイス制度の導入後は、売り手が適格請求書発行事業者に登録していない場合、買い手は仕入税額控除を受けられないため、交渉の中でこの点を確認することが実務上の重要事項になっています。

申告・納付の手続きは、契約書の設計段階から一貫して税理士が関与していると格段にスムーズになります。弊社では、こうした専門家との連携を早期に整えることを、支援の中で一貫して重視しています。

7. まとめ

事業譲渡における消費税は、「課税資産に対してのみ課税される」という原則を理解した上で、個々の資産を正確に区分することが実務の核心です。のれんへの課税、土地と建物の按分、売り手のインボイス登録状況——これらは見落とすと資金計画や申告に影響が出る論点であり、M&Aの検討を始めた早い段階から税理士・弁護士などの専門家と連携することが欠かせません。

また、株式譲渡と事業譲渡のどちらを選ぶかという手法の判断は、消費税の負担だけでなく、リスクの引き継ぎ方・許認可の取り扱い・従業員の処遇など多くの要素を総合的に検討する必要があります。

M&Aについてご不明な点や不安なことがあれば、どんな些細なことでも構いません。ぜひ一度、弊社にご相談ください。

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